El musicólogo y archivero guipuzcoano ingresa en el selecto palmarés del premio decano de Eusko Ikaskuntza por su trabajo en favor del patrimonio musical vasco.
En 1979 participó en la constitución de la sección de Música de Eusko Ikaskuntza que presidió entre 1990 y 1996, coordinando varios números de sus Cuadernos de Sección. Durante veinte años (2000-2020) dirigió Eresbil − Archivo Vasco de la Música.
Entre los méritos que a juicio del jurado acreditan la concesión del Premio Manuel de Lekuona 2021 destaca su trabajo en favor del patrimonio musical vasco desde las más diversas facetas. Jon Bagüés ha hecho posible la recuperación de obras de compositores y ha favorecido su difusión. Asimismo, ha ayudado a compositores en activo y promovido la creación de entidades de estudio y de interpretación musical (como la Capilla Peñaflorida, dedicada desde 1985 a la investigación y difusión de la música antigua). Finalmente, se subraya su compromiso activo con entidades musicales y culturales de todo el país.
Zorionak Jon!