Formación en Europa (1904-1908)
Estando en Bilbao, Guridi siente el deseo de salir de la ciudad para continuar con sus estudios. Músicos vascos como J.M.ª Usandizaga estudiaban en la Schola Cantorum de París y según Arozamena, Guridi habla con algunos miembros del Cuartito sobre el tema, aunque sin atreverse a pedir dinero directamente. Cuando expresa su deseo a Juan Carlos Gortázar (Conde de Zubiría, destacado miembro del Cuartito) éste no tiene reparos en ofrecer su ayuda para que el joven pueda continuar su formación en Europa.
La Schola Cantorum de París
Jesús se traslada a París en 1903-1904 con el objetivo de ingresar en uno de los principales centros musicales del momento, la Schola Catorum dirigida por Vincent D’Indy. Se marcha junto a Resurrección María Azkue, que asume la tutoría del chico. Azkue estudiaba también en el mismo centro y Lorenzo Guridi delega su autoridad en él, a cambio de que le informe sobre los progresos musicales de su hijo.
Cuando Azkue y Guridi llegan a París, son recibidos por José María Usandizaga, estudiante de la Schola desde 1901. Guridi y Usandizaga, -que se habían conocido en un concierto en Donostia-, se convierten en grandes amigos, siendo compañeros de clase, así como de la pensión situada en la calle Saint Jacques número 269.
En París Guridi cursa estudios de piano, órgano, contrapunto y composición. Estudia piano con el profesor G. Grovlez, órgano con A. Decaux, contrapunto con L. Triton y composición con A. Sèrieyx y Vincent D´Indy. Durante dos años desarrolla notablemente sus estudios y traba amistad con el maestro D’Indy, recibiendo una educación basada en la disciplina y la tradición. La Schola Cantorum, que sigue la línea estética y compositiva de César Franck, deja una importante huella en Guridi.
En esta etapa Guridi se interesa por el impresionismo, especialmente por la obra Claude Debussy. Mantiene, por otro lado, una intensa actividad musical, asistiendo a numerosos conciertos y audiciones, como los conciertos de órgano de la catedral de Notre Dame, los de la orquesta de Chatelet (dirigidos por Eduard Colonne), diversas representaciones líricas, etc. Arozamena señala que a Guridi le gustaba anotar en el papel las ideas musicales e impresiones que le venían a su imaginación tras la experiencia auditiva de un concierto.

Por otro lado, los estudios no impiden que Jesús deje de lado la creación. Durante estos años compone varias obras, entre las que destacan Melodías para canto y piano (1905) y Quatorze morceaux pour piano (1905). Esta última es publicada por la editorial Breitkopf & Härtel en Bruselas ese mismo año, cuando Guridi contaba con 19 años de edad, convirtiéndose en la primera obra publicada por el compositor vitoriano.
Desde el punto de vista de la personalidad y comportamiento del joven Guridi en estos años, parece que lleva una vida “recta, limpia y ejemplar, dedicada exclusivamente al ejercicio del arte y al amor de los suyos”. Según Arozamena, Guridi termina los estudios de composición de París con el mejor examen de la clase y su obra es interpretada por el profesor ante los alumnos como ejemplo de buen hacer. Antes de marcharse de París, el maestro d’Indy ofrece una fiesta en honor a Guridi para despedir a su brillante alumno, lo que nos muestra la afinidad y amistad existente entre el maestro francés y su discípulo vasco.
Bruselas
En 1906 Guridi continúa su formación en Bruselas. Sus biógrafos señalan que fueron los mejores años del compositor, aunque ofrecen muy poca información sobre esta etapa de su vida.
Sabemos que durante cerca de dos años Guridi estudia órgano y composición con Joseph Jongen, -uno de los principales compositores belgas del momento-, recibiendo clases particulares individuales. Asiste a conciertos y representaciones de ópera y ballet del prestigioso Teatro Real de Monnaie y frecuenta las tertulias del restaurante Los Tres Suizos, donde se reúne con sus amigos ingleses y con el doctor Laguna Azorín. Según cuenta Arozamena, una noche apareció en este restaurante Manuel de Falla, quien recordó a Guridi que de niño estuvo tocando el piano en su casa de Madrid.
Guridi conoce también al gran violinista, director y compositor Eugène Ysaÿe, que según las fuentes, propone al compositor vasco la composición de su obra Elegía para violín y orquesta (1907).
Asimismo, en esta época compone Nostalgia (1907) y Fantasía para gran órgano (1906-1907), obra premiada en 1909 con la Medalla de Oro en la Exposición Regional de Valencia.
Sobre su vida estudiantil Guridi señalará más tarde: “Yo, en París o Bruselas, -como aquí en Bilbao-, sólo y lejos de mi familia, jamás he hecho esa vida de bohemio atribuida por el vulgo a todo artista”. Urriza destaca también la importancia de su temperamento religioso, aspecto importante que marca la personalidad de Guridi a lo largo de toda su vida.
Primer concierto íntegro de Guridi
El 29 de octubre de 1907 Guridi vuelve a Bilbao, y a los 21 años ofrece su primer concierto, compuesto exclusivamente de sus obras. Da a conocer sus obras en la sala de la Sociedad Filarmónica de Bilbao y tras el concierto, es nombrado Socio de Honor de dicha institución.

El programa consta de las siguientes obras:
- Melodía, Nostalgia y Tempestad Próxima, obras para orquesta interpretadas por la orquesta de la Sociedad de Conciertos.
- Elegía para violín y orquesta, dedicada e interpretada por su amigo Joaquín Blanco Recio.
- Cuarteto en fa sostenido menor, interpretada por Blanco Recio, Navarro, Soler y Arnillas .
- Adagio y Final, para violonchelo y piano, de la mano de Arnillas y el propio Guridi.
- Melodías para canto: Las Ave-Marías, Paysage, Soledad y Cantabria, interpretadas por Mario Losada.
- Fantasía para órgano, interpretada por el propio Guridi.
Colonia y Múnich
Siguiendo la recomendación de Resurrección María Azkue, Guridi se traslada a Colonia para perfeccionar sus estudios con el profesor Otto Neitzel, pianista, compositor y destacado crítico musical. La información existente sobre los estudios en Colonia es aún más imprecisa que la referida a Bruselas y existen además importantes contradicciones relativas al año de traslado y la estancia. Es posible que Guridi se trasladase a Colonia en 1907, directamente desde Bruselas. Pero también parece lógico pensar que regresara durante una temporada a Bilbao y que continuara su formación en Europa en 1908.
Sea como fuere, durante un verano se traslada a la ciudad alemana para profundizar sus conocimientos de instrumentación.
Interesado por la música alemana, tras la estancia en Colonia, Guridi viaja a Múnich junto a su profesor para pasar ocho días escuchando la música de Richard Wagner.